Stutzer erwarb 1868 wenige Kilometer von Erkerode entfernt, nahe der Gemeinde Sickte, eine Papiermühle, die er zu einem Wohnhaus umbauen ließ. Weitere Gebäude entstanden. 1874 übernahm Gusatav Stutzer hauptamtlich die Leitung der 'Anstalt', die er 'Neu-Erkerode' nannte. Nach einem Zerwürfnis mit dem Verwaltungsrat schied er 1880 aus seiner Tätigkeit aus und gründete in Goslar das Altenheim 'Theresienhof', das seit 1968 wieder zur Evangelischen Stiftung Neuerkerode gehört.

Unter den Nachfolgern Stutzers wurde Neuerkerode ab 1905 immer mehr baulich erweitert. Bereits 1905 lebten über 300 Menschen mit einer geistigen Behinderung hier. Es gab mittlerweile eine Schule zur spezifischen Förderung Behinderter, die sich als erste und einzige Sonderschule des Herzogtumes Braunschweig auch sehr rasch einen Namen über die Landesgrenzen hinaus machen konnte.
Neben den schon lange existierenden Bereichen Landwirtschaft, Gärtnerei und Hauswirtschaft wurden Werkstätten als behindertengerechte Arbeitsplätze eingerichtet.

Die Zeit im und nach dem ersten Weltkrieg und auch die so genannten 'Goldenen Zwanziger Jahre' waren für die Menschen in Neuerkerode mit schlimmsten Entbehrungen verbunden: Entwicklungsprozesse stagnierten, es herrschte schlimmer Personalmangel, es gab Ernährungsschwierigkeiten und einschneidende Maßnahmen in der Finanzierung der Arbeit.

Mit dem "Gesetz zur Verhütung erbkranken Nachwuchses" vom 14.7.1933 griff der nationalsozialistische Staat brutal in das Leben der in Neuerkerode wohnenden Menschen ein. So wurden der Leitung von den zuständigen Behörden in Braunschweig strenge Auflagen erteilt, die die Bewegungsfreiheit der erwachsenen BewohnerInnen nach außen, aber auch auf dem Gelände massiv einschränkten. Zwischen 1934 und 1944 veranlasste das Erbgesundheitsgericht die Zwangssterilisierung von mehr als 130 in Neuerkerode lebender Frauen und Männer.

Ende Oktober 1939 erteilte Hitler den Auftrag zur Durchführung von 'Euthanasie-Maßnahmen'. Ab 1940 waren hiervon auch BewohnerInnen Neuerkerodes betroffen. Per Satzungsänderung wurde Neuerkerode aus dem Verband der Inneren Mission ausgegliedert. Zum Direktor wurde der aus der Kirche ausgetretene ehemalige Pastor August Ahlborn (bis 1945) ernannt.
In sieben Transporten wurden dann 180 BewohnerInnen Neuerkerodes, teilweise über Umwege, in Tötungseinrichtungen in Polen und nach Hadamar zwangsweise verlegt. 142 von Ihnen haben nachweislich nicht überlebt. Der letzte und größte Transport (103 Personen) fand am 11. Februar 1945 statt.

Nach der Befreiung des Braunschweiger Landes im April 1945 trat Neuerkerode wieder der Inneren Mission (heute Diakonisches Werk) bei. Die Lebenssituation in Neuerkerode war in den ersten Nachkriegsjahren dramatisch. Mit der Währungsreform 1948 verbesserte sich schrittweise die wirtschaftliche Situation Neuerkerodes. Gebäude konnten saniert werden und Neubauten zur Auflockerung der überfüllten Wohngruppen errichtet werden.
1963 traten die ersten Zivildienstleistenden ihren Dienst in Neuerkerode an.

1972 wurden in Neuerkerode 879 BewohnerInnen von 134 MitarbeiterInnen im Pflegedienst (die meisten von ihnen hatten keine fachliche Ausbildung) betreut. In Neuerkerode hinterfragte man jetzt, wie menschlich eigentlich die Lebensbedingungen der zu Betreuenden seien. Viele Bauten zur Auflockerung des Wohnens entstanden und trugen zur Entspannung bei. Parallel dazu setzte sich der Gedanke durch, dass Leben mehr sei, als verbesserte Wohnbedingungen zu schaffen. Nach und nach wuchs das 'Ort zum Leben' Konzept. Das 'Dorf Neuerkerode' mit dem Ansatz einer strukturellen Betreuung fand bundesweit interessierte Beachtung.

Die Gedanken „Ort zum Leben“ und "Dorf Neuerkerode" bedeuten für Menschen mit einer geistigen Behinderung, möglichst selbstständig und autonom leben zu können. Dazu gehört auch weitgehende Transparenz des Alltages. In Neuerkerode wurde die Bürgervertretung initiiert, die Ansprüche und Bedürfnisse der Bewohner gegenüber der Leitung benennt und vertritt. Als Treffpunkt entstand der Dorfkrug, ein Lebensmittelladen wurde eingerichtet und die Erwachsenenbildung für Bewohner.

Der Förderverein der Evangelischen Stiftung Neuerkerode wurde 1990 gegründet und sechs neue Wohngruppenhäuser wurden nach 5jährigem Instanzenweg gebaut. Die Evangelische Stiftung öffnete sich auch über Pressearbeit der Öffentlichkeit.

1999 wurde die Heimsonderschule Neuerkerodes wegen kontinuierlichen Rückganges der Schülerzahlen geschlossen. Es wurde ein Teil der Neuerkeröder Werkstätten zu einer WfbM ausgebaut.

Das Altenheim 'Theresienhof' in Goslar wurde erweitert. Im Jahr 2001 wurde Neuerkerode Gesellschafter der gemeinnützigen GmbH "Haus der helfenden Hände" in Beienrode.

Die Stiftung findet 2007 mit dem’Projekt Neuerkerode 2015’ starke Resonanz in der Öffentlichkeit. Ehrgeiziges Ziel ist es, bis zum Jahr 2015 den Strom-, Wärme- und Wasserverbrauch um 60-80% zu reduzieren. Die Energieversorgung soll bis dahin möglichst vollständig aus regenerativen Energien erfolgen.

Neuerkerode wird zunehmend in Braunschweig präsent: Dom, Landesmuseum und Cinemax werden Veranstaltungsorte für Vorträge und Empfänge. Die Begegnungsstätte der Diakonie wechselt in die Trägerschaft Neuerkerodes. Das ambulante Angebot wird ausgebaut. Aufgaben und Ziele einer Dorfentwicklung werden formuliert und ein Projektplan entwickelt.